Peralihan status menjadi PTNBH memberikan otonomi kepada beberapa lembaga PT sehingga dapat lebih leluasa dalam mengelola institusinya masing-masing dalam kerangka aturan yang ditetapkan dalam Statuta masing-masing PTNBH. Perkembangan yang terjadi dalam 10 tahun terakhir sejak kebijakan ini diambil menuntut PTNBH untuk lebih kreatif dalam memajukan institusi terutama dalam aspek non akademik. Beberapa persoalan kemudian muncul akibat posisi PTNBH yang harus menerapkan prinsip-prinsip pengelolaan universitas yang baik. Permasalahan yang muncul adalah dari aspek pelaporan keuangan PTNBH, legalitas pengelolaan dan pemanfaatan asset, tata laksana pengawasan audit, dan perpajakan. Sejak tahun 2019, Forum Komunikasi MWA PTNBH dibentuk untuk mewadahi komunikasi antar seluruh PTNBH dalam membahas permasalahan-permasalahan yang dialami PTNBH dan memikirkan secara bersama-sama solusi yang akan dijalankan. Dengan adanya Forum ini bertujuan untuk menjalin koordinasi dan silaturahmi yang baik antar PTNBH se-Indonesia. Pada pertemuan Forum MWA PTNBH di awal Tahun 2023, telah disepakati untuk membentuk kelompok kerja termasuk untuk aspek penguatan kelembagaan. Pada kelompok kerja ini melibatkan 5 universitas yang dipimpin oleh IPB. PTNBH yang masuk dalam kelompok kerja ini adalah IPB, Unhas, Unesa, Univ. Terbuka, dan Univ. Negeri Yogyakarta. Kelompok kerja ini diberi Amanah untuk membahas terkait Tata Hubungan Antar Organ, Pengaturan Pengambilan Keputusan dan Komite Audit.

Silaturrahmi dan Rapat Kerja Forum MWA PTNBH Kelompok Kerja Kelembagaan dilaksanakan pada hari Jumat sampai dengan Minggu, tanggal 6-8 Oktober 2023 di Universitas Negeri Yogyakarta. Pada kegiatan Rapat Kerja Forum MWA PTNBH Kelompok kerja Penguatan Kelembagaan, Tim MWA Unhas terdiri dari pimpinan, kepala, dan staf sekretariat MWA Unhas. Selain itu hadir juga rombongan dari MWA lain yang termasuk dalam kelompok kerja Kelembagaan yakni Ketua KA dan Sekretaris MWA IPB, Pimpinan dan anggota MWA Unesa, Pimpinan dan Anggota MWA UT, serta hadir secara lengkap MWA dari tuan rumah Universitas Yogyakarta. Adapun para peserta dari MWA Unhas yang hadir pada kegiatan rapat kerja ini adalah sebagai berikut:

1. Prof. Dr. Andi Alimuddin Unde, M.Si (Ketua MWA)
2. Prof. Dr. Ir. Asmuddin Natsir, M.Sc. (Sekretaris Eksekutif)
3. Prof. Dr. drg. Andi Zulkifli, M.Kes. (Ketua Komisi I)
4. Prof. Dr. drg. Hasanuddin Tahir, MS. Sp. Perio (K) (Ketua Tim Adhock dan Ketua Komisi II)
5. Dr. Ir. Ifayanti Ridwan Saleh, SP. MP. (Kepala Sekretariat)
6. Drs. Muhammad Ikhlas (Sekretariat MWA)

Kegiatan silahturahmi dan rapat kerja kelompok kerja kelembagaan dari Forum MWA PTNBH yang berlangsung Jum’at hingga Sabtu tanggl 6 – 7 Oktober 2023, di Ruang Sidang Utama Rektorat. Acara ini mempertemukan anggota kelompok kerja kelembagaan Forum MWA PTN BH, yang berasal dari Institut Pertanian Bogor (IPB), Universitas Hasanudin (Unhas), Universitas Negeri Surabaya (Unesa), Universitas Terbuka (UT), dan Universitas Negeri Yogyakarta (UNY).

Peserta disambut oleh Prof. Suyanto, Ph.D., Ketua MWA UNY, selaku tuan rumah dan mengatakan untuk menentukan pertemuan ini berdarah-darah apalagi mencari dana abadi. Sebagai tuan rumah akan belajar, ngaji kawruh, untuk bagaimana PTN BH UNY ini bisa setara, paling tidak dapat mengikuti gerak langkah PTN BH yang sudah lama.

Selanjutnya Koordinator Kelompok Kerja Kelembagaan, Dr. Agus Joko Pramono menyampaikan penjelasan tentang program penganggaran universitas yang berbentuk satker, BLU dan PTN BH. Selaku ketua komite audit, Dr. Agus Joko Pramono menyampaikan bagaimana komite audit yang baik? yaitu bagaimana kontrol manajemen berjalan dengan baik, fungsi insurance berjalan, kemudian fungsi internal audit, dan eksternal audit berjalan dengan baik, serta independent.

Jalannya Forum Majelis Wali Amanat Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN BH) Kelompok Kerja Kelembagaan diawali dengan perkenalan MWA yang dipandu oleh Prof. Suyanto, Ph.D. dari UNY dilanjutkan IPB Bogor, Unesa, Unhas, UT, dilanjutkan perkenalan Komite Audit UNY oleh Sekretaris MWA UNY, Prof. Dr. Suranto.

Koordinator Forum ini dari IPB Prof. Bambang Purwantara, Ph.D. berkenan memimpin diskusi dengan tiga tema besar, yaitu penguatan kelembagaan dan hubungan antar organ, pengaturan sistem pengambilan keputusan strategis, dan peran komite audit.

Rapat kerja berlangsung lancar sesuai agenda pertemuan. Setiap PTNBH diberikan kesempatan untuk memimpin jalannya sidang pleno yang terdiri dari 3 topik yakni tata hubungan antar organ pada PTNBH, proses pengambilan keputusan dan tugas dan wewenang Komite Audit. Dari pembahasan ini diperoleh rumusan yang akan dibawa pada pertemuan Forum MWA PTNBH mendatang. Dalam kesempatan ini juga diharapkan bahwa rumusan pembahasan terkati Komite Audit akan di bawa ke Pertemuan Forum Komunikasi KA di Padang yang akan berlangsung 16-18 Oktober 2023 yang dilaksanakan oleh Universitas Andalas.