Struktur organisasi MWA Unhas berdasarkan Peraturan Majelis Wali Amanat Universitas Hasanuddin Nomor: 25918/UN4.0/OT.05/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Majelis Wali Amanat Universitas Hasanuddin adalah terdiri dari:
Ketua
Wakil Ketua Bidang Kebijakan Umum, Pengembangan dan Kemitraan
Wakil Ketua Bidang Perencanaan, Evaluasi dan Pengawasan
Sekretaris Eksekutif
Komite Audit
Komisi I Bidang Kebijakan Umum, Pengembangan dan Kemitraan
Komisi II Bidang Perencanaan, Evaluasi dan Pengawasan
Sekretariat
Adapun struktur organisasi MWA dengan alur yang menunjukkan bidang kewenangan dan koordinasi ditunjukkan pada gambar dibawah ini.